下面先对两所院校办学实力进行一下比较：
首都医科大学
首都医科大学创建于1956年，是北京市重点高等院校，是北京市政府、国家卫生健康委员会、教育部共建院校。
学校校本部设有10个学院，有8个国家重点学科，2个国家重点（培育）学科；60个国家临床重点专科（含中医）；14个国家中医药管理局重点（培育）学科；4个北京市一级重点学科，6个北京市二级重点学科，1个北京市重点交叉学科，1个北京地区高等学校学科群。有8个一级学科博士学位授权点和13个一级学科硕士学位授权点；按照三级学科统计，有59个博士学位授权点和77个硕士学位授权点；具有所有医学及医学相关学科的硕士、博士专业学位授予权。有9个博士后科研流动站。学校设置的长学制专业有临床医学、儿科学和口腔医学；本科专业24个。
首都医科大学，在教育部第四轮学科评估中，临床医学、护理学获评A-，生物学、公共卫生与预防医学获评B+，基础医学、口腔医学获评B，生物医学工程获评B-，中医学获评C+，中西医结合获评C，中药学获评C-。
南方医科大学
南方医科大学前身为中国人民解放军第一军医大学，创建于1951年，1979年被确定为全国重点大学，2004年8月整体移交广东省，更名为南方医科大学。学校是广东省高水平大学重点建设高校中唯一的医学院校，全国首批、广东省唯一一所“部委省”共建高校，全国首批开设八年制本硕博连读临床医学专业的8所高校之一，全国首批卓越医生教育培养计划试点高校。
学校现有19个教学机构，开设本科专业35个，其中7个国家特色专业，10个广东省特色专业，6个广东省名牌专业。有10个博士学位授权一级学科，6个博士后流动站，其中医学类博士学位授权一级学科数在全国独立医科院校中排名第二。拥有5个国家重点及培育学科。
南方医科大学，在教育部第四轮学科评估中，B+档的学科有3个：基础医学、公共卫生与预防医学、中西医结合，B档的学科有4个：生物医学工程、临床医学、药学、护理学，C-档的学科有2个：中药学、口腔医学。
通过以上了解可知，虽然两所院校都是普通高校，都拥有一级学科博士学位授予权和博士后科研流动站，但是在教育部第四轮学科评估中，首都医科大学获评2个A-、2个B+、2个B、1个B-、1个C+、1个C、1个C-，共计上榜10个；南方医科大学获评3个B+、4个B、2个C-，共计上榜9个。说明首都医科大学整体办学实力较强。
个人认为：首都医科大学好！
